Avtomatska segmentacija celičnih predelkov v volumetričnih podatkih, pridobljenih z elektronskim mikroskopom

Avtorji

  • Manca Žerovnik Mekuč Univerza v Ljubljani, Fakulteta za računalništvo in informatiko
  • Ciril Bohak
  • Rok Romih
  • Samo Hudoklin
  • Matija Marolt

DOI:

https://doi.org/10.31449/upinf.62

Ključne besede:

avtomatska segmentacija, elektronska mikroskopija, celični predelki

Povzetek

Segmentacija celicˇnih predelkov je proces, s pomocˇjo katerega dobimo kvantitativne informacije o prisotnosti, prostorski porazdelitvi, strukturi in posledicˇno funkciji organizacijskih enot celice, t.i.  celicˇnih predelkov. Z nedavnim razvojem metod elektronske mikroskopije je postal proces rocˇne segmentacije volumetricˇnih podatkov ozko grlo v biomedicinskih raziskavah. Da bi pripomogli k ucˇinkovitejšemu poteku celicˇno bioloških raziskav, smo razvili metodo za avtomatsko segmentacijo mitohondrijev in predelkov lizosomalne poti v volumetricˇnih podatkih tkiva secˇnega mehurja, pridobljenih z metodo fokusiranega ionskega snopa in vrsticˇne elektronske mikroskopije (FIB-SEM). Predlagamo cevovod, ki temelji na konvolucijski nevronski mreži in izkorišcˇa znanje, da imajo mitohondriji in predelki lizosomalne poti v dolocˇenih regijah podobne teksturne znacˇilnice.  Z uporabo tega znanja v omenjenih podatkih naš cevovod bolje segmentira ciljne razrede v primerjavi z ostalimi trenutno vodilnimi metodami, ki so bile predlagane za segmentacijo biomedicinskih podatkov.

Prenosi

Objavljeno

20.12.2019

Kako citirati

[1]
Žerovnik Mekuč, M., Bohak, C., Romih, R., Hudoklin, S. in Marolt, M. 2019. Avtomatska segmentacija celičnih predelkov v volumetričnih podatkih, pridobljenih z elektronskim mikroskopom. Uporabna informatika. 27, 4 (dec. 2019). DOI:https://doi.org/10.31449/upinf.62.

Številka

Rubrike

Kratki znanstveni prispevki