TY - JOUR AU - Žerovnik Mekuč, Manca AU - Bohak, Ciril AU - Romih, Rok AU - Hudoklin, Samo AU - Marolt, Matija PY - 2019/12/20 Y2 - 2024/03/29 TI - Avtomatska segmentacija celičnih predelkov v volumetričnih podatkih, pridobljenih z elektronskim mikroskopom JF - Uporabna informatika JA - UI VL - 27 IS - 4 SE - Kratki znanstveni prispevki DO - 10.31449/upinf.62 UR - https://uporabna-informatika.si/ui/article/view/62 SP - AB - <p>Segmentacija celicˇnih predelkov je proces, s pomocˇjo katerega dobimo kvantitativne informacije o prisotnosti, prostorski porazdelitvi, strukturi in posledicˇno funkciji organizacijskih enot celice, t.i. &nbsp;celicˇnih predelkov. Z nedavnim razvojem metod elektronske mikroskopije je postal proces rocˇne segmentacije volumetricˇnih podatkov ozko grlo v biomedicinskih raziskavah. Da bi pripomogli k ucˇinkovitejšemu poteku celicˇno bioloških raziskav, smo razvili metodo za avtomatsko segmentacijo mitohondrijev in predelkov lizosomalne poti v volumetricˇnih podatkih tkiva secˇnega mehurja, pridobljenih z metodo fokusiranega ionskega snopa in vrsticˇne elektronske mikroskopije (FIB-SEM). Predlagamo cevovod, ki temelji na konvolucijski nevronski mreži in izkorišcˇa znanje, da imajo mitohondriji in predelki lizosomalne poti v dolocˇenih regijah podobne teksturne znacˇilnice. &nbsp;Z uporabo tega znanja v omenjenih podatkih naš cevovod bolje segmentira ciljne razrede v primerjavi z ostalimi trenutno vodilnimi metodami, ki so bile predlagane za segmentacijo biomedicinskih podatkov.</p> ER -